Quando há um problema envolvendo as estruturas ósseas da face o tratamento combinado com a Cirurgia Ortognática pode estar indicado. O tratamento combinado é normalmente realizado em pacientes adultos, que apresentam uma discrepância esquelética (óssea) mais severa em que não é possível atuar sobre o crescimento das estruturas da face por meio de aparelhos, nem tampouco corrigir apenas o malposicionamento dentário. O tratamento combinado pode trazer ao paciente melhorias estéticas na face que não seriam possíveis apenas com o tratamento ortodôntico isolado.

A Cirurgia Ortognática também pode ser combinada ao tratamento ortodôntico para o tratamento de alguns casos de apnéia obstrutiva do sono, fendas palatinas, dentre outros.